55）建立健全安全生产、国家安全反恐、应急值守、保密等工作制度。完善突发事件处置预案和紧急信息报送机制。开展安全教育，定期组织逃生、应急疏散等演练。
学校围绕平安校园建设，组织机构健全，制定多项安全管理制度，并按照规章制度依法依规管理，形成平安校园管理机制。学校不断完善“社会治安综合治理责任书”的签约机制，与各部门二级签约率为100%。
学校设有保密委员会，由主管校领导担任保密委员会主任。下设办公室，具体负责学校保密工作。按要求召开保密委员会会议，研究部署学校保密工作。健全工作制度，制定《上海中医药大学保密工作规定》《涉密计算机使用注意事项》等，增强保密工作规范性。落实《工作秘密事项清单》工作，严格履行工作秘密管理的主体责任。加强日常管理，组织涉密人员学习相关文件和视频资料，加强信息系统和信息设备保密管理，保障校园网络安全。
学校成立有安全生产工作领导小组、反恐怖防范工作领导小组等领导机构，学校制定有《上海中医药大学反恐怖防范应急处置预案》、《上海中医药大学突发事件应急预案管理实施办法》等10个专项应急预案和《上海中医药大学突发事件应急处理流程》，规范学校突发事件应急预案管理。按照上级单位相关要求，做好安全稳定风险隐患排查，落实专人24小时值班制度、校领导值班制度、零报告制度，如遇突发事件做好应急处理，及时报送相关信息。
深入学习宣传贯彻总体国家安全观，加强国家安全教育，制定全民国家安全教育日宣传教育活动方案，组织开展主题活动，增强师生国家安全意识和素养。开展国防宣传教育，开展征兵工作，学校将军事训练和军事理论课纳入必修课，切实增强军事训练实效，强化学生国防意识。学校入选教育部国防教育特色学校。
学校通过讲座、宣传栏、网络等方式开展安全教育及平安校园创建活动宣传工作。每年在新生入学时举行全体新生的安全教育讲座，定期组织开展包括消防安全、防范网络电信诈骗、交通法规、校内治安管理等安全宣传教育，积极开展消防逃生演练，增强师生消防安全意识，预防和减少火灾事故发生，提升处置火灾事故的技能。学校专门成立了由保卫干部及安保队员组成的应急处置队伍，定期进行消防、反恐及防暴技能演练，增强应急处置能力。学校配备微型消防车（微型消防站），配备相应设施设备，提升初起火灾处置能力。学校多措并举，提升了师生始终保持防火意识，夯实校园安全工作基础，牢牢构筑生命安全防线，为学校各项事业全面快速发展创建安全稳定的校园环境。
56）定期开展重点场所防火、防盗、防爆检查，健全危险品和实验室等安全管理制度。校内交通管理有序。技防系统建设达标，推进智慧安防建设，积极整治校园周边环境。开展大学生平安志愿行动。
学校重视消防管理工作，专门聘请专业的消防维保单位对校内消防设施进行巡查、维修保养，确保消防设施运行良好。学校分管校领导带领保卫处、房产设备管理处、科技处、后勤保障处、基建处等部门坚持每月例行安全检查和节假日期间重点检查，对存在的安全隐患及时提出整改，防患于未然。重视危险品和实验室安全管理，不断完善各项管理制度，危险化学品采购、存储、领用、废弃物处理等都有明确的管理要求，保障实验室安全。
为创造良好的校园教学、生活环境，切实加强校园道路、交通、车辆安全，学校不断完善停车场（位）及交通路线及交通标识的设置，使校园的交通规划合理，交通设施和标识完备。积极推进校园智慧安防建设，目前校内主要出入口、楼宇公共区域等安装监控摄像头2000余个，聘请专业的技防维保单位常驻学校对技防设施设备进行维护，总体建设情况达到上级要求的标准，实现了人防、技防、物防的联动。学校还加强校园周边环境治理，在高校派出所、属地派出所及城管部门的大力支持下，开展周边环境治理工作，使校园周边环境安全得到保障。